إلّا أن الأمر البارز في حياته العلمية ضمن هذا الدور أنه‌واصل مع أستاذه الشيخ الحليقدس سره‌ولازمه في جلساته العلميةالعامة التي كانت تزخر بها النجف الأشرف آنذاككذلك جلساته الخاصة التي كان يخصصها الأستاذ لتلميذه المثابر . وقد كان السيد الحكيم ينوّه بقيمة تلك المصاحبة العلمية ، حتى قال : ان استفادتي من مجالسة الشيخ الحلي أكثر من استفادتي من حضوري في درسه ، من دون أن يعني ذلك التقليل من أهمية درسهقدس سره ، وانما لبيان مدى الفائدة في تلك المداولات العلمية المستمرة مع الشيخ الحليقدس سره‌وملازمته له . وكان الشيخ الحلي بدوره يشيد كثيراً بالعمق والمستوى العلمي المتميز للسيد الحكيم ( مد ظله ) ويعقد عليه آماله ويصرّح بذلك ، ويعطيه حصة وافرة للمناقشة في مجلس درسه العامر بالأفاضل والعلماء . يقول آية الله السيد مفتي الشيعة - من تلاميذ الشيخ الحلي - كان السيد الحكيم أصغرنا سنّاً في درس الشيخ ، ولكنّه كان المبادر والأكثر مناقشة له ، فكنّا نتعجّب من سرعة استيعاب مطلب الأستاذ وقيامه بمناقشته .